Forsknings- og utviklingsarbeid er en sentral del av virksomheten ved Forsvarets stabsskole, ved siden av den videregående offisersutdanningen. Flere av skolens ansatte er involvert i pågående forskningsprosjekter innenfor områdene ”strategi og doktrine”, ”jus og militærmakt”, ”etikk og militærmakt” og ”militærpsykologi og lederutvikling”.
Et viktig forskningsområde ved FSTS er gender og fokus på synliggjøring av den operative merverdien av å implementere et kjønnsperspektiv i planlegging og utførelse av militære operasjoner.